目前生物燃料的主要原料来自粮食作物，但以粮食作为生物燃料的原料，导致了世界粮食价格飞涨。而且，由于发展生物燃料以获得政府补贴而大片森林遭砍伐，由此产生的温室效应比燃烧汽油还严重。因此，有生物燃料专家指出，就燃料作物而言，目前有３大新原料具有巨大的开发潜力：草、树和海藻。

　　目前，用陆地作物生产的燃料主要是乙醇，人们又将其称为“纤维素乙醇”。草和树生长在陆地上，但以此生产生物然料，需要复杂的处理程序。海藻生长在水里，培育起来比较复杂，但可被轻易转化成生物柴油，生产高品质油。

　　美国加州的Ｃeres公司已经开始研究以草为原料生产生物燃料。他们选择了４种草即：柳枝稷、芒草、甘蔗和苏丹草（又叫做Ｃ４草）。这些草光合作用效率高，生长迅速，因此备受生物燃料工业青睐。

　　Ｃeres公司结合基因改造和“智能”育种技术，使它们的生长速度更快。这几种草生长于不同气候条件。柳枝稷和芒草生长于温带气候，甘蔗和苏丹草为热带植物。该公司计划创造能够在炎热、酷寒、干旱气候下甚至盐碱地生长的品种，使它们能在无法生长粮食的土地上种植。这将降低种植成本，减少食物和燃料之间的冲突。

　　美国南卡罗来纳的ＡrborGen公司则在进行以树为原料生产生物燃料的研究。他们选择桉树、白杨、火炬松和放射松４个种类，采用类似Ｃeres公司的方法加快树木生长，增加它们对寒冷的承受力。

　　以海藻作为生物燃料原料的难题之一是收获海藻所蕴含的油，必须把它们从池塘里捞起来、晒干、破坏它们的细胞。这个过程费时费力，有人考虑直接把海藻送去电站干燥，燃烧。而美国的克雷格·文特尔合成生物公司则希望通过生物工程克服海藻油采集问题。合成生物的海藻被安插了特殊基因，在它们的外隔膜创造新的分泌通道，使油脂刚刚分泌就被海藻细胞排挤出来，漂浮到池塘表面。经过基因改造后，这些海藻能比它们的野生同类分泌更多油脂。